肿瘤基因组变异：何时考虑进行胚系检测？
肿瘤从本质上来说是一种基因病，几乎所有癌症均来源于基因突变，基因突变会导致癌细胞的出现，且不断生长。肿瘤基因组变异包括体细胞变异和胚系变异。目前，体细胞基因组检测最常用于转移性癌症患者，以期发现具有治疗相关性的潜在靶向突变（如EGFR、EML4-ALK和BRAF等）从而指导临床进行靶向治疗干预及提供相关预后信息。若检出靶向变异，而忽略了胚系变异是万万不能的。遗传因素在多种肿瘤的发生中起着关键作用。遗传性胚系基因突变的检测对临床治疗决策、风险干预、癌症筛查及易感患者及其亲属的遗传学检测具有重要提示意义。
那么如何识别肿瘤基因组变异的来源，何时考虑进行胚系检测，检出胚系变异是否致病以及哪些特定癌种可能倾向携带哪些胚系变异，是临床及广大患者的关注要点。接下来通过分享一篇文献综述，该综述针对上述几个问题提供了简明扼要、系统性及循证的方案策略。
从以下五个步骤进行阐述：
患者是否符合进行胚系变异检测的个人/家族癌症病史？
ASCO临床实践指南建议，获取癌症患者家族史的最低要求包括：一级亲属（即父母、兄弟姐妹、子女）和二级亲属（即祖父母、姑姑/叔叔、侄女/侄子、孙子女、半同胞）。此外，国家综合癌症网络（NCCN）指南建议对以下特定癌种患者进行胚系基因检测：卵巢癌、胰腺癌、转移性前列腺癌或45岁及以下诊断的乳腺癌。
文中还指出，根据现有的研究，目前市场上基因检测panel基本包含相关癌种已知疗效的靶点基因及明确的驱动基因等，但并非将所有关联基因（如遗传易感基因等）纳入。因此，强调个人/家族癌症史符合胚系基因检测专家共识指南的患者都应接受遗传咨询和胚系检测，以明确其患遗传性肿瘤的风险，即使肿瘤基因组检测未检出致病性变异。
肿瘤是否表现出微卫星高度不稳定？
传统上，微卫星不稳定性和/或错配修复缺陷检测在结直肠癌和子宫内膜癌患者中进行，以筛查Lynch综合征。近来，随着免疫治疗在微卫星高度不稳定性肿瘤患者中的成功实践，现支持所有晚期实体瘤患者中检测微卫星不稳定性。
关注基因是否为癌症易感基因？
随着医学遗传学领域的不断发展，胚系变异关联基因列表也在不断更新中。建议临床能够充分识别美国医学遗传学学会（ACMG）提出的癌症易感基因及已发表的临床医学管理建议中的高外显率基因（参见表1）。
（表1）
肿瘤是否表现出微卫星高度不稳定？
根据美国医学遗传学协会（ACMG）和分子病理学协会（AMP）实践指南，对遗传变异进行五级分类：（1）良性，（2）可能良性，（3）意义不明确（VUS），（4）可能致病性，（5）致病性。其中，可能致病性和致病性具有临床指导意义。体细胞基因组变异分类可参考以下数据库：COSMIC，cBioPortal，CIViC，OncoKB，My Cancer Genome等。胚系变异分类可参考ClinVar等相关数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/）。
综述指出如果体细胞变异在ClinVar中被分类为良性、可能良性或VUS，则不建议进行胚系检测，除非患者的个人/家族史符合胚系检测标准。若体细胞变异在Clinvar数据库中分类为致病或可能致病或未被报道过，则建议进行胚系检测。此外，有文献表明大多数VUS结果最终被鉴定为不影响蛋白质结构/功能，因此不应用于患者管理。以上论点，笔者认为可作参考，但并非绝对，对变异的评级分类，数据库并不是绝对参考指标，还需要严谨循证（如文献考究等），而对于已确认的胚系变异，评级分类应严格按照ACMG指南或特定病种变异解读指南进行规范评级分类。
对于检出癌症易感基因为致病性的患者是否要进行胚系检测？
在大多数情况下，当通过肿瘤体细胞基因组检测发现存在癌症易感基因（表1）致病性变异时，建议进行胚系基因检测。但存在特殊情况，在肿瘤中常见的基因（如TP53）中发现致病性变异时，应结合患者临床表现（即与综合征相关的癌症）和家族史来评估判断患者是否为遗传性疾病（即Li-Fraumeni综合征）。对于常见体细胞基因突变，强调结合患者临床表型与家族史评估，以综合判断是否需要进行胚系检测。
以上5大步骤系统性地阐述了在肿瘤基因组中，何时考虑胚系检测及如何应对。另外，文章补充提出几个考虑要点。
1) 奠基者突变
若体细胞基因组检测发现奠基者突变（参见表2），建议进行胚系检测。
（表2）
2）变异等位基因频率
变异等位基因频率是指在特定位点上携带特定变异的等位基因的比例。有文献表明，当突变频率约为50%时，致病性变异被认为源于胚系，但通常认为杂合致病性变异的突变频率范围在30%到70%之间。在体细胞肿瘤基因组中，变异等位基因频率越高，为胚系变异的可能性越大。然而，在实际实践过程中，检测会受到组织异质性和肿瘤异质性的影响，并且拷贝数变异也会影响突变频率。因此，不建议使用变异等位基因频率来决定某一特定变异是否为胚系变异。
3）多个原发肿瘤中发现同一变异
一个患者有多个原发肿瘤可用于基因组分析并不常见。然而，如果在不同的原发肿瘤中检测到相同的基因变异，该变异可能为胚系变异。
4）超突变肿瘤
对于微卫星稳定的超突变结直肠癌或子宫内膜癌患者，应考虑进行POLD1和POLE胚系检测。尽管在其他类型的超突变肿瘤中也发现了胚系POLE突变，但尚不清楚这些胚系突变是否会增加结直肠癌和子宫内膜癌以外的癌症风险。
以上便是针对该篇综述的分享，综述文末列举了2个实际案例，如何根据上述5个步骤（参见表3）进行临床决策，感兴趣的读者可以下载原文了解（PMID: 31509718）。
（表3）
参考文献：
DeLeonardis K, Hogan L, Cannistra SA, Rangachari D, Tung N. When Should Tumor Genomic Profiling Prompt Consideration of Germline Testing? J Oncol Pract. 2019 Sep;15(9):465-473. doi: 10.1200/JOP.19.00201. PMID: 31509718.